El IiSGM dispone de un Biobanco que forma parte de la Red de Biobancos financiada por el ISCIII. El biobanco se establece como un banco de muestras biológicas: sangre, plasma, ADN, tejidos o biopsias, en el que participan numerosos hospitales españoles que van depositando muestras de pacientes infectados por el VIH de muy diversa procedencia y características, previo consentimiento informado. Además cuenta con un Banco de Tumores, una pieza clave para la investigación traslacional debido a la demanda creciente de muestras tumorales tratadas de manera idónea para la realización de estudios moleculares minimizando los sesgos propios de los estudios multicéntricos.