Procesamiento Avanzado en Neuroimagen (PAN)
Misión
El Servicio de Procesamiento Avanzado en Neuroimagen (PAN) ofrece los softwares, el espacio y el know-how necesarios para realizar estudios de neuroimagen multimodal en humanos. El servicio está formado por un equipo multidisciplinar, que incluye psicólogos, doctores en neurociencia, doctores en física e ingenieros, lo que permite abordar de forma eficiente los distintos pasos requeridos en los estudios de neuroimagen: desde el diseño de secuencias de adquisición por resonancia magnética, hasta la elaboración de figuras para publicaciones científicas, pasando por el análisis estadístico y el desarrollo de pipelines de procesamiento.
Uno de los objetivos del grupo es el desarrollo, implementación y actualización de metodologías de procesamiento de imagen, centradas mayoritariamente en resonancia magnética. Además, el servicio presta apoyo en imagen a otros investigadores, tanto del hospital como de otros centros.
El grupo mantiene colaboraciones nacionales e internacionales con centros de excelencia, como la University of Pennsylvania, la University of California o el Massachusetts Institute of Technology. A nivel nacional, el grupo lidera la plataforma de neuroimagen del CIBER.
Descripción del equipo
El SAI de procesamiento avanzado dispone de un servidor de computación SuperMicro SuperServer AS-2014CS-TR con las siguientes características:
- CPU: AMD Epyc Milan 24C/48T @ 2.85GHz
- RAM: 8 x 32GB DDR4 RDIMM @ 3200 MHz
- GPU: NVIDIA A10, 24GB GDDR6 ECC 384-bit, 150W
En dicho servidor se tienen disponibles las siguientes toolboxes de neuroimagen para el procesamiento de imagen:
- AFNI (https://afni.nimh.nih.gov/)
- ANTs (http://stnava.github.io/ANTs/)
- ASHS (https://sites.google.com/view/ashs-dox/)
- dcm2niix (https://github.com/rordenlab/dcm2niix)
- FastSurfer (https://github.com/Deep-MI/FastSurfer)
- FreeSurfer (https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/)
- FSL (https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/)
- LCModel (http://s-provencher.com/lcmodel.shtml)
- mri_reface (https://www.nitrc.org/projects/mri_reface)
- MRtrix3 (https://www.mrtrix.org/)
- SMT (https://github.com/ekaden/smt)
- SPM (https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/)
Connectome Workbench (https://www.humanconnectome.org/software/connectome-workbench)
Servicios ofertados
El grupo ofrece servicios para investigadores que deseen realizar estudios de neuroimagen, abarcando todo el proceso, desde el diseño de la secuencia hasta la presentación de los resultados. Los tipos de imágenes con los que contamos con amplia experiencia incluyen:
- Consultoría para el diseño de secuencias de adquisición de imágenes multimodales por resonancia magnética.
- Almacenamiento de datos de neuroimagen en formato BIDS.
- Procesamiento de imágenes multimodal.
- Análisis estadístico centrado en datos de neuroimagen.
- Elaboración de figuras para publicaciones.
- Redacción o revisión de la sección metodológica de publicaciones o proyectos científicos.
Tecnología
Los tipos de imágenes con los que contamos con amplia experiencia incluyen:
- Imágenes ponderadas en difusión.
- Imágenes estructurales de alta resolución potenciadas en T1 y T2
- Imágenes por espectroscopia.
- Imágenes de resonancia magnética funcional (tanto en tareas como en reposo).
- Imágenes de flujo cerebral.
Tarifas
Tarifas Procesamiento Avanzado en Neuroimagen
Contacto
Susana Carmona y Daniel Martín de Blas
Responsables del Servicio de Procesamiento Avanzado en Neuroimagen
E-mail: scarmona(ELIMINAR)@hggm.es y dmartindeblas(ELIMINAR)@hggm.es
Tfno: 91 586 86 42